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忍者龜李奧、拉斐、多納、米奇同索女記者愛普合力擊退「大腳板」犯罪集團後，其首領施萊德又試捲土重來，仲搵嚟蒼蠅博士暗中進行變種人計劃，將兩個街頭惡霸巴比同洛克史迪改造成頭腦簡單但力大無窮嘅半獸人，繼續橫行曼哈頓。同時，「大腳板」嘅幕後主腦克朗死心不息，再度向紐約展開侵略行動…… 面對多重威脅，4隻正義嘅忍者龜聯同意外認識嘅新戰友Casey Jones，將會為保衛紐約築起最強陣線，並肩對抗可怕敵人！...

外星人入侵地球，四隻在混亂中被沖到下水道的寵物龜：李奧（Leo）、拉斐（Raph）、多納（Don）及米奇（Mikey），因受外星輻射物質感染，產生異變成為人形！牠們大難不死，更獲高人傳授東方武術及忍者神功，成為地球對抗外星侵略者的最後武器…...

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